Szirwan i inne państwa
W IX w. władza kalifów z rodu Abbasydów była coraz bardziej ograniczana i traciła na znaczeniu. W postępującym procesie decentralizacji niektórzy z arabskich namiestników stawali się na wpół niezależnymi władcami. Korzystając z zamętu po zabójstwie kalifa Al-Mutawakkila w 861 r., które doprowadziło do faktycznego rozpadu kalifatu, jeden z takich namiestników, Hajsam ibn Halid z rodu Mazjadydów, zaczął rządzić jak udzielny władca częścią terytorium dawnej Albanii, przyjmując tytuł szirwanszacha.
Samo państwo nosiło nazwę Szirwan. Istnieją przypuszczenia, że prowincja o nazwie Szirwan, obejmująca tereny między Baku, Şamaxı i Derbentem, istniała w okresie kiedy Sasanidzi przejęli władzę w Albanii, po wygaśnięciu dynastii Arsacydów. Stolicą państwa szirwanszachów z czasem stało się miasto Şamaxı. Dynastia Mazjadydów panowała w Szirwanie do początków XI w. Państwo to odegrało bardzo dużą rolę w historii Azerbejdżanu.
Albański książę Grigor Hamam (Hammam), pochodzący z książęcego rodu Michranidów w latach 80. IX w. na podjął próbę odrodzenia państwa albańskiego, na części jego dawnego terytorium w zachodniej części Albanii. Jego syn Saak Sewada, zajął położony na zachodzie dawnej Albanii region Gardman oraz część Górskiego Karabachu.
Poczynając od końca IX w. w północnym Azerbejdżanie zaczynają się pojawiać szukające łupów drużyny ruskie, które w ciągu następnego stulecia napadały na zachodnie wybrzeże Morza Kaspijskiego, zapuszczając się nawet daleko w głąb kraju.
W 889 r. Al-Muwaffaq, brat i regent kalifa Al-Mutamida, mianował namiestnikiem południowego Azerbejdżanu Muhammad ibn Abu Sadża, jednego z wojskowych dowódców kalifatu. Ten stworzył jednak własne państwo obejmujące również tereny północnego Azerbejdżanu, rządzone przez dynastię Sadżidów, które przetrwało kilkadziesiąt lat.
W XI w. zachodzą ważne wydarzenia, które mają decydujący wpływ na formowanie narodu azerbejdżańskiego. Począwszy od lat 1018-1021 na teren Azerbejdżanu napływa turkijski lud Oguzów, który zaczyna się na tym terenie osiedlać. Plemiona turkijskie pojawiały się już tutaj od kilku stuleci, od dawna też sprowadzano na służbę oddziały turkijskich koczowników, którzy przybywali ze swoimi rodzinami i dobytkiem. W ten sposób zwiększała się systematycznie liczba ludności turkijskojęzycznej na Kaukazie i na terenie południowego Azerbejdżanu. Z kolei w połowie XI w. na terytorium Azerbejdżanu pojawiło się turkijskie plemię Seldżuków, pokrewne Oguzom. Pod władzą Toğrul Bega zdobyli oni w 1054 r. Tebriz i szereg innych miast na terenie Azerbejdżanu. W 1055 r. Seldżucy zawładnęli stolicą kalifatu Bagdadem, tworząc nowe państwo i ograniczając władzę kalifa tylko do spraw religijnych. Faktycznym władcą stał się Toğrul Beg. Jego następcy Alp Arslan i Malik Szach dokonali podboju większości terytorium Azerbejdżanu. Jedynie Szirwan, dzięki zręcznej polityce swego władcy szirwanszacha Fariburza I który uznał się wasalem Malik Szacha, zachował swą niezależność. Po zajęciu Gəncə przez Seldżuków miasto to stało się na pewien okres siedzibą Muhammada Tapara, jednego z synów Malik Szacha. Dzięki temu Gəncə stała się w tym czasie bardzo ważnym ośrodkiem życia politycznego, gospodarczego i kulturalnego.
Do pojawienia się Oguzów i Seldżuków ludność zamieszkująca na terenie północnego i południowego Azerbejdżanu używała kilku języków. W północnym Azerbejdżanie był to język albański i pokrewne jemu języki kaukaskie oraz języki turkijskie, w południowym Azerbejdżanie języków irańskie i turkijskie. Religijnym i urzędowym językiem był arabski. Język perski, rozpowszechniony jeszcze od czasów antycznych i państwa Sasanidów, używany był jako język literacki wśród ludzi ze sfer kulturalnych, nie tylko zresztą na terenie Azerbejdżanu ale i na całym Bliskim i Środkowym Wschodzie. Przybycie na ten terytorium Oguzów i Seldżuków oraz przemieszanie się ludności sprawiło, że systematycznie zaczął się rozpowszechniać ich język, na bazie którego powstał język azerbejdżański. Od tej chwili obie części Azerbejdżanu, ziemie dawnej Albanii i ziemie dawnej Atropateny, będzie łączyć zarówno panującą religia, którą był islam, jak i wspólny język, którym stał się język azerbejdżański.
Po śmierci Malik Szacha w 1092 r. rozpoczyna się upadek potęgi Seldżuków, wśród których rozpoczyna się walka o władzę. Spowodowało to wzrost znaczenia państw na terenie Kaukazu. Największą potęgą w tym regionie stała się Gruzja, która za panowania króla Dawida IV wyparła ze swych ziem Seldżuków. W ciągu XII w. Gruzja znacznie rozszerzyła swój obszar i za panowania królowej Tamar (Tamary) doszła do największej w swych dziejach potęgi. W tym czasie wpływy gruzińskie na Kaukazie były bardzo silne. Wzmocnieniu uległo też państwo szirwanszachów rządzone wówczas przez dynastię Kesranidów. Szirwan utrzymywał dobre stosunki z Gruzją. Zawierano małżeństwa dynastyczne między Kesranidami i panującą w Gruzji dynastią Bagratydów. Żoną szirwanszacha Manuczichra III była Tamar, córka gruzińskiego króla Dawida IV, a żoną jego syna, szirwaszacha Achsistana I, wnuczka Dawida IV. Władcy obu państw udzielali sobie wzajemnie pomocy wojskowej. Taka sytuacja miała miejsce np. w 1177 r., gdy w Gruzji wybuchło powstanie feudałów przeciw królowi Jerzemu III (Giorgi III). Powstańcy ogłosili królem księcia Demnę, syna Dawida V – starszego brata Jerzego III. W stłumieniu powstania pomogła Jerzemu III armia szirwanszacha Achsistana I.
Wskutek osłabienia państwa Seldżuków w 1136 r. powstało nowe państwo Ildegizydów (Eldegizydów), w skład którego weszły głównie ziemie południowego i częściowo północnego Azerbejdżanu. Przez okres drugiej połowy XII w. do początków XIII w. państwo Ildegizydów, Gruzja i Szirwan odgrywały największą rolę w polityce tego regionu. Istniejące w cieniu tych państw niewielkie państwa feudalne próbowały utrzymać w jakimś stopniu niezależność lub były w wasalnym stosunku wobec silniejszych sąsiadów.
W 1191 r. silne trzęsienie ziemi zniszczyło Şamaxı, stolicę Szirwanu. Po tym wydarzeniu szirwanszach Achsistan I, którego rodzina zginęła w trzęsieniu ziemi, przeniósł swoją rezydencję do Baku i od tego momentu miasto stało się faktycznie drugą stolicą Szirwanu.
Od IX do XIII w. następuje rozkwit kultury świata islamskiego, który w tym okresie wyprzedził chrześcijańską Europę w rozwoju cywilizacyjnym. W owym czasie kraje islamskiego kręgu kulturowego były najbardziej rozwiniętym obszarem świata, pod względem poziomu życia, technologii, wydajności rolnictwa oraz osiągnięć naukowych. Być może tylko Chiny były porównywalnie rozwinięte. Świat islamu doszedł wówczas do wielkich osiągnięć w dziedzinie literatury, poezji, filozofii, geografii, nauk prawniczych, astronomii, chemii, matematyki, medycyny. W Azerbejdżanie największy rozkwit osiągnęła literatura, a zwłaszcza poezja, która była przeważnie tworzona w języku perskim, międzynarodowym języku literackim tego okresu. Literatura piękna tworzona w Azerbejdżanie posiadała jednak własne specyficzne oblicze i wyraźny indywidualizm.
Najwybitniejszym poetą tego okresu był Nizami Gəncəvi, uważany powszechnie za najwybitniejszego poetę świata islamskiego, przełomu XII-XIII w.
Druga połowa XII i początek XIII w. był również okresem rozkwitu gospodarczego ziem Azerbejdżanu. Rozwinęło się rolnictwo, a zwłaszcza ogrodnictwo, ówcześni podróżnicy odnotowywali wielką ilość ogrodów na terytorium Azerbejdżanu. Bardzo wysoki poziom osiągnęło rzemiosło artystyczne. Wyrabiano drogie tkaniny jedwabne, które przez kilka następnych stuleci będą jednymi z podstawowych towarów eksportowych. Wielką specjalnością była też produkcja dywanów, również będących towarem eksportowym na przestrzeni wieków. Wywożono też do innych krajów takie towary jak bogato zdobione ceramiczne wyroby glazurowane czy kunsztownie zdobioną białą broń, produkowaną z najlepszej stali. Największymi miastami w tym okresie były Gəncə, której ludność dochodziła do 200 tys. mieszkańców i liczący ponad 100 tys. mieszkańców Tebriz w południowym Azerbejdżanie. W ówczesnej chrześcijańskiej Europie tylko kilka miast miało podobną liczbę mieszkańców.
Okres rozwoju przerwany został przez najazd Mongołów, którzy po zawojowaniu wielu ziem od Chin do Persji w 1220 r. po raz pierwszy wkroczyli na terytorium Azerbejdżanu. Dokonując bardzo dużych zniszczeń Mongołowie zdobyli wiele miast, w tym Şamaxı. W 1223 r. Mongołowie opuścili teren Kaukazu i ruszyli na północ, rozgramiając w bitwie nad rzeką Kałką koalicję wojsk książąt ruskich i koczowniczego plemienia Połowców.
Niedługo potem ziemie Azerbejdżanu najechały wojska Dżalal ad-Dina, syna szacha Chorezmu Ala ad-Din Muhammada II, państwa na terenie Azji Środkowej z centrum w dorzeczu Amu Darii. Zostało ono w latach 1219-1221 zawojowane przez Mongołów, którzy zmusili jego władcę do ucieczki. Dżalal ad-Din opanował w 1225 r. dużą część terytorium Azerbejdżanu, kładąc kres państwu Ildegizydów. Swą niezależność zdołał zachować Szirwan. Siedzibą Dżalal ad Dina stała się Gəncə. Ucisk władzy zdobywców i ściąganie ciężkich danin powodowały wzrastający opór ludności, co doprowadziło do wybuchu powstania w Gəncə w 1231 r.
Tymczasem na terytorium Azerbejdżanu znów wkroczyli Mongołowie. Nie mogąc im sprostać Dżalal ad-Dina uciekł z Azerbejdżanu. Po ciężkich walkach Mongołowie zdobyli w 1235 r. Gəncə i w 1239 r. Derbent, opanowując obszar Azerbejdżanu i Zakaukazia. W 1258 r. potężna armia Mongołów pod wodzą Hulagu, wnuka Czyngis Chana, zdobyła Bagdad, wskutek czego przestał istnieć kalifat. Hulagu stworzył państwo rozciągające się w swoim apogeum od Kaukazu do Zatoki Perskiej i od rzeki Amu Daria do Eufratu (okresowo nawet do Morza Śródziemnego), w skład którego weszły też ziemie Azerbejdżanu. Państwo to było nazywane państwa Hulagidów, lub państwem Ilchanidów, od tytułu Ilhan używanego przez jego władców. Początkowo stolicą państwa była położona na terenie południowego Azerbejdżanu Maraga, a potem Tebriz. Szirwan zachował co prawda w dużym stopniu niezależność, ale szirwanszachowie musieli się uznać wasalami Hulagidów. Armia Hulagu, choć mongolska z nazwy, w większości była złożona z różnych koczowniczych turkijskich plemion, co wzmacniało element turkijski na tym obszarze. Ziemie Azerbejdżanu stały się w następnych dziesięcioleciach areną ciągłych walk, które państwo Hulagidów prowadziło z Złotą Ordą. Było to państwo stworzone Batu Chana, innego wnuka Czyngis Chana, z centrum w stepach nadwołżańskich. Władcy Złotej Ordy wysuwali swe pretensje do bogatych ziem Azerbejdżanu. W końcu XIII w szirwanszach Achsistan III był zmuszony przenieść swą rezydencję w głąb kraju, bowiem teren od Baku do Derbentu był areną nieustannej wojny między Złotą Ordą i państwem Hulagidów. Mimo wielu najazdów Złota Orda nie dobiła się większych sukcesów. Pod panowaniem władców Złotej Ordy okresowo znalazły się jedynie położone na północnych krańcach Szirwanu okolice Derbentu.
Z czasem warstwy rządzące państwa Hulagidów uległy islamizacji. Mimo zniszczeń wojennych gospodarka ziem Azerbejdżanu powoli zaczęła podnosić się z ruin, zaczęły się też odbudowywać miasta. W państwie Hulagidów zaczęły narastać tendencje odśrodkowe, przeciwko panowaniu Ilchanidów zaczęli występować feudałowie. Z momentem śmierci w czasie wojny ze Złotą Ordą w 1335 r. Ilchana Abu Sa’id rozpoczął się rozpad tego państwa. Władzę na terytorium południowego Azerbejdżanu uchwycił ród Czobanidów, pochodzenia mongolskiego. Ich rządy nie trwały długo, a ich władza stawała się coraz bardziej niepopularna. Panujący w latach 1343-1357 Melek Aszraf był wręcz znienawidzony przez poddanych. W 1357 r. wojska Dżanibega, chana Złotej Ordy, wkroczyły na teren południowego Azerbejdżanu, rozbijając wojska Czobanidów i zajmując Tebriz. Melek Aszraf został schwytany i stracony, co było faktycznie końcem rządów Czobanidów.
Wojska Złotej Ordy niedługo pozostały na terenie Azerbejdżanu. Po ich wycofaniu władzę w południowym Azerbejdżanie zdobył Szejch Uwajs (Owajs) z rodu Dżalajirydów. Ród ten podobnie jak Czobanidzi był pochodzenia mongolskiego. Jeden z przedstawicieli tego rodu, Hasan Buzurg, był jednym z najbardziej wpływowych możnych w końcowym okresie panowania Hulagidów. Po rozpadzie państwa Hulagidów udało mu się opanować tereny dzisiejszego Iraku oraz część terytorium Persji, na których Dżalajirydzi stworzyli własne państwo. W 1357 r. opanowali oni również tereny południowego Azerbejdżanu. Dżalajirydzi toczyli wojny z Szirwanem.
W końcu XIV w. w Szirwanie wybuchło powstanie drobnych feudałów i chłopów, w czasie którego zginął szirwanszach Huszeng, na którym zakończyła się dynastia Kesranidów. Po jego śmierci w 1382 r. szirwańscy feudałowie wybrali nowym władcą Ibrahima I, który był zubożałym feudałem i krewnym szirwanszacha Huszenga, pochodzącym z bocznej linii dynastii Mazjadydów. Zapoczątkował on dynastię Derbendi. Za jego rządów i jego następców Szirwan doszedł do swej największej potęgi i rozkwitu. Ibrahim I był doskonałym dyplomatą, który umiejętnie lawirował między potężnymi sąsiadami.
W drugiej połowie XIV w. w Azji Środkowej powstaje potężne państwo stworzone przez Timur Lenga (Timur Lenk), zwanego w Europie Tamerlanem, które z czasem przekształciło się w ogromne imperium. Timur był jednym z największych wodzów w historii, lecz jego podboje były prowadzone z niezwykłym okrucieństwem. Jednocześnie jednak interesował się on sztuką. Często brał w niewolę zdolnych architektów i wyspecjalizowanych rzemieślników, którzy budowali stolicę jego imperium Samarkandę, z której Timur uczynił jedno z najpiękniejszych miast muzułmańskiego Wschodu. Timur był założycielem dynastii Timurydów.
Timur pokonał w 1384 r. wojska Dżalajirydów, lecz wycofał się będąc zmuszony stłumić powstanie wybuchłe na opanowanych przez niego obszarach Azji Środkowej. Na teren Azerbejdżanu wtargnęły natomiast wojska Złotej Ordy pod wodzą jej ówczesnego władcy Tochtamysza, które w 1386 r. zdobyły Tebriz i inne miasta Azerbejdżanu, uprowadzając do niewoli wielką ilość jeńców. Już rok później, w 1387 r. Tebriz zajęły wojska Timura rozbijając ostatecznie siły Dżalajirydów, a panujący w tym czasie dżalajirycki władca Ahmad ratował się ucieczką. Dokonując potężnych zniszczeń wojska Timura opanowały cały obszar Zakaukazia. Obronną ręką z okresu podbojów Timura wyszedł Szirwan, dzięki niezwykle zręcznej polityce szirwanszacha Ibrahima I. Umiejętnie wykorzystując rywalizację między Timurem i władcą Złotej Ordy Tochatmyszem, pozostawał on w bardzo dobrych stosunkach z Timurem, udzielając mu pomocy wojskowej w prowadzonych przez niego wojnach ze Złotą Ordą. Pozwoliło to zachować niezależność Szirwanu chroniąc jego od zniszczeń i wzmocniło prestiż polityczny szirwanszachów.
Timur umarł w czasie wyprawy na Chiny w 1405 r., po czym jego imperium zaczęło się rozpadać. Między jego potomkami rozpoczęła się walka o władzę. W miastach Azerbejdżanu i w sąsiedniej Gruzji wybuchły powstania przeciw Timurydom. Zaistniałą sytuację wykorzystał szirwanszach Ibrahim I, którego wojska zaczęły wypierać z terytorium Azerbejdżanu wojska Timurydów. Wokół Ibrahima I zawiązała się koalicja drobnych władców azerbejdżańskich, jego sojusznikiem był również król Gruzji Jerzy VII i jego następca Konstantyn I. W południowym Azerbejdżanie szła walka między wnukami Timura, Omarem i Abu Bakrem, którzy starali się zawładnąć Tebrizem. Jego mieszkańcy zwrócili się o pomoc do szirwanszacha Ibrahima I, który w 1406 r. przybył na czele swych wojsk do Tebrizu. Pod władzą Ibrahima I znalazło się praktycznie całe terytorium północnego i południowego Azerbejdżanu.
W tym samym 1406 r. sytuacja uległa jednak zmianie, co zmusiło szirwanszacha Ibrahima I do wycofania się z południowego Azerbejdżanu. Na jego terenie pojawił się dżalajirycki władca Ahmad, który po poniesionej klęsce w walce z wojskami Timura był zmuszony uciekać z Azerbejdżanu. Wraz z nim przybył jego sojusznik Kara Jusuf, władca związku plemion Kara Kojunlu (Czarnego Barana). Plemiona należące do związku plemion Kara Kojunlu, podobnie jak i rywalizującego z nim związku plemion Ak Kojunlu (Białego Barana), były oguskimi plemionami. Przesiedliły się one z Azji Środkowej i koczowały na terytorium południowego Azerbejdżanu, wschodniej Anatolii i północnej części dzisiejszego Iraku. Połączone siły Ahmada i Kara Jusufa pokonały wojska Timurydów, lecz potem doszło do walki między byłymi sojusznikami i w 1410 r. Achmad poniósł klęskę w bitwie z Kara Jusufem. Ziemie południowego Azerbejdżanu znalazły się pod panowaniem Kara Kojunlu. Oprócz ziem południowego Azerbejdżanu w skład państwa Kara Kojunlu wchodziły też ziemie wschodniej Anatolii oraz część ziem północnego Azerbejdżanu i dzisiejszego Iraku. Stolicą tego państwa stał się Tebriz. Państwo Kara Kojunlu zaczęło też zagrażać Szirwanowi i szirwanszach Ibrahim I oraz jego następca Chalilulach I zmuszeni byli prowadzić z nim wojny. Znaleźli oni silne oparcie w jednym z Timurydów. Był nim syn Timura, Szachruch, który kilkakrotnie pokonał wojska Kara Kojunlu.
Państwo Kara Kojunlu istniało kilkadziesiąt lat. W 1467 r. władca Kara Kojunlu Dżahanszach wyruszył na wyprawę przeciwko Ak Kojunlu, w czasie której jego wojska zostały pokonane, a on sam zginął. Władca Ak Kojunlu, Uzun Hasan, zajął terytoria którymi władali Kara Kojunlu. Stolicą państwa Ak Kojunlu stał się również Tebriz. W odróżnieniu od władców Kara Kojunlu, Uzun Hasan utrzymywał przyjazne stosunki z Szirwanem.
Uzun Hasan był utalentowanym wodzem i politykiem. Państwo Ak Kojunlu pod jego władzą stało się znaczącą siłą w tym regionie świata. Bardzo groźnym przeciwnikiem państwa Ak Kojunlu stali się osmańscy Turcy. Imperium Osmańskie wchodziło wtedy w zenit swojej potęgi. W walce z Turkami Uzun Hasan starał się znaleźć sojuszników wśród chrześcijańskich państw Europy, wysyłając do nich swoich posłów. W 1472 r. jego posłów przyjął na Wawelu król Kazimierz Jagiellończyk, co odnotował w swojej kronice Jan Długosz. Ze względu na dużą odległość i trudności ze skoordynowaniem wspólnych działań wojennych przeciwko osmańskim Turkom nie przyniosło to realnych rezultatów. W walkach z Uzun Hasanem Turcy stopniowo zaczęli uzyskiwać przewagę, dzięki temu iż turecki sułtan Mehmed II przerzucił na ten teren walki większość swych sił z Europy oraz przewadze w artylerii i broni palnej.
Wojna z Turcją osłabiła państwo Ak Koyunlu. Następca Uzun Hasana, Yaqub, pragnąc umocnić państwo próbował wprowadzać reformy, lecz wywołano to zdecydowane niezadowolenie u feudałów. Śmierć Yaquba położyła koniec próbom wprowadzenia reform. Za panowania jego następców państwo Ak Kojunlu osłabło jeszcze bardziej.
W XV w. Szirwan rządzony przez szirwanszacha Chalilullacha I i jego syna Farruh Yasara rozkwitał. Zbudowano wiele karawanserajów, mostów, twierdz i budowli publicznych. Za panowania Chalilullacha I powstała większość budowli w pałacu szirwanszachów w Baku. Duża część zabytków północnego Azerbejdżanu pochodzi właśnie z tego okresu.
Głównymi miastami Szirwanu w tym okresie były Şamaxı, Baku i Derbent. Na wysokim poziomie znajdowało się rolnictwo i rzemiosło. Doskonale rozwijał się handel. Z Szirwanu wywożono przede wszystkim bardzo ceniony w Europie jedwab i tkaniny jedwabne, dywany, ręcznie kute wyroby miedziane, przyprawy – zwłaszcza szafran, sól, naftę – którą używano do oświetlania i w celach leczniczych. Przez Szirwan przechodziły ważne szlaki handlowe, w tym czasie bardzo wzrosło znaczenie Baku jako portu. Rozwijała się też kultura, przy dworze szirwanszachów żyli poeci i uczeni.
Państwo szirwanszachów rozszerzało swoje kontakty. Nawiązano stosunki dyplomatyczne z Imperium Osmańskim i Wielkim Księstwem Moskiewskim. Dobre stosunki utrzymywano z państwem Ak Kojunlu, które stały się sojusznicze za panowania w nim Yaquba, syna Uzun Hasana. Jego żona była córką szirwanszacha Farruh Yasara. Ten okres w historii Szirwanu zakończył się raptownie w 1500 r., z wkroczeniem na jego terytorium wojsk Safawidów.
Ród Safawidów wywodził się od szejcha Safi ad-Dina (1252-1334). Był on twórcą sufickiego tarikatu (zgromadzenia/zakonu), na terytorium południowego Azerbejdżanu z siedzibą w Ardabil (Ardebil), który od jego imienia zaczęto nazywać Safawijja (Səfəviyyə). Przywództwo tego tarikatu miało charakter dziedziczny wśród potomków Safi ad-Dina. Safawidzi stali się ortodoksyjnymi wyznawcami szyityzmu. W końcu XIV w. tarikat przekształcił się w ruch religijny, który rozpowszechniał swą ideologię w południowym Azerbejdżanie, Persji i we wschodniej Anatolii.
Do połowy XV w. szejchowie będący przywódcami tego ruchu zajmowali się głównie sprawami religijnymi. W 1447 r. przywódcą ruchu stał się szejch Dżunejd u którego pojawiły się ambicje polityczne. Pod jego przywództwem ruch religijny przekształcił się w organizację wojskową, a sam Dżunejd zaczął szukać możliwości utworzenia własnego państwa. Pod hasłem prowadzenia wojny religijnej z góralami północnego Kaukazu w 1460 r. jego wojska wkroczyły na teren Szirwanu. Wyczuwając jego cel szirwanszach Chalilullach I ze swymi wojskami wydał im bitwę nad brzegiem rzeki Samur, w której Dżunejd zginął. Następcą Dżunejda został jego syn Hejdar. Swoim zwolennikom polecił on nosić charakterystyczne nakrycia głowy z 12 czerwonymi wstęgami. Miały one symbolizować 12 szyickich imamów (przywódców duchowych). Ze względu na te nakrycia głowa zwolennicy Safawidów byli nazywali gyzyłbaszami/kyzyłbaszami (az. Qızılbaş) – czerwonogłowymi. W 1488 r. Hejdar podjął ponowną próbę zdobycia Szirwanu. Gdy jego wojska pustoszyły ziemie Szirwanu, szirwanszach Farruh Yasar zwrócił się pomoc do Yaquba, władcy Ak Kojunlu, który ruszył jemu z odsieczą. Połączone siły Szirwanu i Ak Kojunlu rozbiły wojska Hejdara, a on sam zginął.
Mimo poniesionych klęsk gyzyłbasze zaczęli zdobywać nowych zwolenników, wykorzystując zamęt powstały w państwie Ak Kojunlu w 1497 r., po śmierci jego władcy Ahmada. W 1500 r. syn Hejdara, kilkunastoletni Ismail, zebrał wokół siebie armię i wyruszył z nią na Szirwan. Siły gyzyłbaszy rozbiły wojska Szirwanu w bitwie koło Şamaxı w 1500 r., gdzie poległ szirwanszach Farruch Jasar. Wiosną 1501 r. po zaciętych walkach wojska Ismaila zdobyły Baku, zabijając wielu jego mieszkańców. Mimo to ludność Szirwanu nadal stawiała mu opór. W tym samym roku, w bitwie na równinie w okolicach Şərur, na terenie dzisiejszej Nachiczewańskiej Republiki Autonomicznej, Ismail zwyciężył Alwanda, władcę Ak Kojunlu. Po tej klęsce rozpoczął się rozpad państwa Ak Kojunlu. Następnie Ismaił zdobył Tebriz, gdzie koronował się szachem, stając się założycielem nowej dynastii (w historiografii występuje jako Ismail I). Ogłosił również szyityzm państwową religią.
Mimo ciężkiego ciosu Szirwan istniał jednak nadal. Już w 1509 r. Ismail I zmuszony był znowu wyprawić się na Szirwan, którego władca szirwanszach Ibrahim II odmówił uznawać jego zwierzchność. Zdecydowana przewaga wojsk Ismaila zmusiła jednak szirwanszacha do uznania się wasalem Ismaila. Szirwan nadal jednak próbował wyzwolić się spod władzy Safawidów.
Kres Szirwanu nastąpił w 1538 r. Syn i następca Ismaila I, szach Tahmasb I (Tahmasp), od dawna planujący likwidację tego państwa, korzystając z panujących w nim zamieszek wysłał do Szirwanu armię pod przywództwem swego brata Alkas Mirzy. Ostatni szirwanszach, kilkunastoletni Shahruch (Şahrux), wraz z szirwańskimi feudałami, schronił się w twierdzy Buğurt, w okolicach Şamaxı. Obrońcy przez kilka miesięcy stawiali zacięty opór. Nie powiodła się próba udzielenia im odsieczy, a kiedy działa rozbiły baszty twierdzy, rozpoczęto rozmowy o kapitulacji. Przybyły pod obleganą twierdzę szach Tahmasb wysłał do Szahrucha swoich posłów obiecując jemu swoją łaskę, oddanie ziem w lenno i różne dary. Wszystko to okazało się podstępem. Następnego dnia szirwanszach Szahruch wraz z szirwańskimi feudałami stanęli przed Tahmasbem przynosząc bogate dary, oraz przekazując klucze od twierdzy i skarbca. Pomimo wcześniejszych obietnic i zapewnień Szahrucha uwięziono. Zabito też wielu obrońców twierdzy, którą Tahmasb rozkazał zburzyć. Młodocianego szirwanszacha Szahrucha przewieziono do Tebrizu, gdzie trzymano go jak niewolnika w kajdanach. Rok później w 1539 r. Tahmasib, który ogłosił obalenie dynastii szirwanszachów i wcielił Szirwan do państwa Sefewidów, rozkazał skrycie zgładzić Szachrucha. Jak napisał ówczesny pisarz – „I życie jego zgasło z rozkazu szacha”.
Imperium Safawidów
W wyniku następujących kolejnych podbojów pod władzą Safawidów znalazły się ogromne obszary na wschodzie sięgające dzisiejszego Afganistanu i Pakistanu, na zachodzie wschodniej Turcji, na północy Kaukazu i Azji Środkowej, na południu Iraku, Zatoki Perskiej i wybrzeża Oceanu Indyjskiego. Wzrastające w potęgę Imperium Safawidów, wstąpiło w konflikt rozwijającą na wschód swą ekspansję osmańską Turcją, który przerodził się w zbrojną konfrontację. Wojna oficjalnie mająca religijny charakter walki sunnitów z szyitami w rzeczywistości była prowadzona dla osiągnięcia supremacji na Bliskim Wschodzie.
Do decydującego starcia doszło w 1514 r., w bitwie na równinie Çaldıran, gdzie starły się potężne armie Safawidów i Osmanów. Zwycięstwo odniosła armia turecka, przede wszystkim dzięki zdecydowanej przewadze w broni palnej, zwłaszcza w artylerii. Niedługo potem armia turecka zdobyła Tebriz. W ręce tureckiego sułtana Selima I wpadła ogromna ilość łupów, w tym osobiste rzeczy Ismaila I i bogactwa ze skarbnicy szirwanszachów zdobyte przez gyzyłbaszy w Szirwanie. Sułtan Selim rozkazał przesiedlić znanych ze swych umiejętności rzemieślników z Tebrizu do Stambułu, gdzie odegrali oni dużą rolę w rozwoju rzemiosła i architektury. Dotkliwa porażka nie miała jednak ciężkich następstw dla Safawidów, choć doprowadziła do utraty terenów we wschodniej Anatolii. W działaniach wojennych nastąpił pewien okres przerwy, ale walki między Safawidami i Osmanami będą się ciągnąć przez cały XVI w. Próby stworzenia koalicji antytureckiej przez Ismaila, który w tym celu nawiązał kontakty z państwami europejskimi, podobnie jak w przypadku starań Uzun Hasana, władcy Ak Kojunlu, nie przyniosły konkretnych rezultatów.
Twórca wielkiego imperium Ismail I był nie tylko wodzem i organizatorem, lecz również mecenasem sztuki i literatury. On sam tworzył poezję w języku azerbejdżańskim pod pseudonimem Chatai (Xətai). Za jego panowania etnos azerbejdżański odgrywał główną rolę w państwie Safawidów. Język azerbejdżański rozbrzmiewał na dworze władcy, w tym języku prowadzono większość korespondencji dyplomatycznej, był on też językiem używanym w wojskach Safawidów. Stolica państwa znajdowała się wówczas w Tebrizie, głównym mieście południowego Azerbejdżanu. Jednak ze względu na zagrożenie ze strony osmańskich Turków, którzy trzykrotnie zdobyli Tebriz, już następca Ismaila I, szach Tahmasb, przeniósł w 1548 r. stolicę w głąb państwa Safawidów do miasta Kazwin. Z kolei szach Abbas I przeniósł w 1598 r. stolicę do Isfahanu, na obszar etnicznie irański, co spowodowało że po upływie następnych dziesięcioleci na dworze Safawidów zaczęła dominować kultura perska.
Po śmierci Ismaila I w 1524 r. na tronie zasiadł jego syn Tahmasb I, za panowania którego Safawidzi prowadzili ciężkie wojny z osmańską Turcją. Tureckie wyprawy wojenne kilkakrotnie wkraczały na teren Azerbejdżanu, przez pewien okres zajęty był Tebriz. Po stronie osmańskiej Turcji walczyli potomkowie rodu szirwanszachów z dynastii Derbendi, którzy stawali na czele powstań przeciwko Safawidom pragnąc wywalczyć niezależność Szirwanu.
W 1544 r. przeciw Safawidom wystąpił Burchan Ali, kuzyn ostatniego szirwanszacha Szachrucha. Jego wojska zostały rozbite przez gyzyłbaszy, a on sam musiał uchodzić do Turcji, gdzie zwrócił się o pomoc do sułtana Sulejmana I. Na czele szirwańskich powstańców i tureckich posiłków w 1548 r. zajął on Şamaxı, stolicę Szirwanu, oraz zdołał wyprzeć siły gyzyłbaszy z większości terytorium Szirwanu. Jednak już w następnym roku, po śmierci Burchana Ali, Safawidzi znów zawładnęli Szirwanem. Niedługo potem w Szirwanie wybuchło kolejne powstanie przeciw Safawidom, na czele którego stanął Kurban Ali z rodu szirwanszachów. Zostało ono stłumione przez wojska Safawidów. Klęską zakończyły się również dwa kolejne powstania przeciw Safawidom, w 1554 r., pod przywództwem Kasim Mirzy oraz w 1577-1578 r., pod przywództwem Kausa Mirzy, siostrzeńca Burchana Ali.
Śmierć szacha Tahmasba I w 1576 r. rozpoczęła okres walki o władzę w państwie Safawidów. Po krótkim panowaniu syna Tahmasba I, Ismaila II, w 1577 r. na tronie zasiadł Mohammad Chodabande, kolejny syn Tahmasba I. Jego władza była nominalna. Na dworze szacha główną rolę odgrywała jego żona Chejr an-Nisa Begum, nosząca tytuł Mahdi Ulja. Imperium zostało faktycznie podzielone na strefy wpływów między przywódców ugrupowań gyzyłbaszy.
Wewnętrzne konflikty w państwie Safawidów postanowili wykorzystać osmańscy Turcy, rozpoczynając kolejną wojnę z Safawidami. W 1578 r. na teren Zakaukazia wkroczyła silna armia turecka, którą dowodził Mustafa Lala Pasza. Tureckim wojskom towarzyszył Abu Bekr Mirza z rodu szirwanszachów, syn Burchana Ali. Zebrane wokół niego oddziały powstańców dopomogły Turkom zająć terytorium Szirwanu. Mimo wcześniejszych obietnic Turcy nie przywrócili jednak niezależności państwowej Szirwanu.
Kolejna turecka wyprawa ruszyła przeciw Safawidom w 1585 r. Turcy zdobyli Tebriz i Bagdad, a dwa lata później prowincję Lorestan w Persji i Hamadan. Jednocześnie wschodnie prowincje państwa Safawidów zaczęli atakować Uzbecy. W obliczu ponoszonych klęsk doszło do buntu przeciw Mohammadowi Chodabande. Przywódcy gyzyłbaszy w 1587 r. zdetronizowali szacha i na tronie osadzili jego szesnastoletniego syna Abbasa I.
Nowy szach był zmuszony zawrzeć w 1590 r. niekorzystny pokój z osmańskimi Turkami, zrzekając się na ich rzecz części terytorium. Pod władzą Turków znalazło się Zakaukazie oraz większość terytorium południowego Azerbejdżanu. Dla umocnienia władzy Abbas I przeprowadził reformy administracyjne, modernizację armii, rozwinął handel. Zdecydowanie osłabił wpływy przywódców gyzyłbaszy. W 1598 r. stolica państwa została przeniesiona przez niego do Isfahanu. Położona w centrum państwa nowa stolica rozbudowała się tak poważnie, że w pierwszej połowie XVII w. Isfahan stał się jednym z największych miast na świecie. Stolica była już jednak oddalona od terytorium Azerbejdżanu i od tego momentu coraz większe wpływy w państwie Safawidów zaczął uzyskiwać etnos irański.
Abbas I dążył do wzięcia odwetu na Turkach. Potrzebował czasu, aby przygotować do tego swoją armię. Została ona zreformowana i wyposażona w silną artylerię. Wykorzystując toczącą się wojnę austriacko-turecką i powstania przeciwko władzy Osmanów w Anatolii Abbas I rozpoczął w 1603 r. działania wojenne przeciwko Turkom.
Na ziemiach zajętych przez Turków rosło tymczasem niezadowolenie ludności. Feudałowie Szirwanu, liczący na odzyskanie przez Szirwan niezależności, byli rozczarowani centralistyczną polityką Osmanów, traktujących zajęte ziemie jak zwykle prowincje swojego imperium. Turcy nakładali na ludność ciężkie podatki, hamowali też rozwój handlu. Tureccy rządcy ściągali opłaty od transakcji handlowych i całkowicie zmonopolizowali handel jedwabiem. Okoliczności te sprzyjały Abbasowi I, którego wojska zdobywając w 1603 r. Tebriz rozpoczęły zajmowanie terytorium południowego Azerbejdżanu. Do 1606 r. Abbas I zdołał opanować również terytorium północnego Azerbejdżanu i wschodniej Gruzji. Tocząca się z przerwami, przez kilkanaście lat, wojna safawidzko-osmańska zakończyła się w 1618 r. zawarciem pokoju w którym Turcja uznawała władzę Safawidów nad Azerbejdżanem i wschodnią Gruzją.
Gospodarka ziem Azerbejdżanu przeżywała wyraźny regres w czasach wojen safawidzko-osmańskich, w wyniku prowadzonych na nich działań wojennych. Natomiast XVI w. był okresem rozwoju literatury azerbejdżańskiej, w którym język azerbejdżański stawał się w coraz większym stopniu językiem literackim. Rozwijała się też nauka, choć już w tym czasie nauka świata islamu pozostawała w tyle za Europą.
Za panowania następcy Abbasa I, szacha Safi I, w 1623 r. rozgorzała kolejna wojna safawidzko-osmańska. Była to już ostatnia wojna w XVII w. między tymi dwoma potęgami Bliskiego Wschodu. Na mocy traktatu kończącego tą wojnę, zawartego w 1639 r., Turcja uzyskała obszar dzisiejszego Iraku z Bagdadem, natomiast pod władzą Safawidów pozostał teren północnego i południowego Azerbejdżanu, oraz wschodnia Gruzja. Pokój zawarty z Turkami przetrwał do lat 20. XVIII w. Dzięki temu zaczęła się stabilizować sytuacja gospodarcza państwa Safawidów.
Upadek państwa Safawidów nastąpił za panowania szacha Sultana Husejna, który wstąpił na tron w 1694 r. Miał on reputację człowieka mało interesującego się polityką. Wprowadzone za jego rządów prawa, skierowane przeciwko sunnitom i sufizmowi, doprowadziły do konfliktów religijnych. Narastała nietolerancja wobec chrześcijan i Żydów. Szach wydał edykt nakazujący przymusowe nawracanie zoroastrian na islam. Znacznie pogorszyła się sytuacja gospodarcza, aby zwiększyć dochody nakładano na ludność nowe podatki. W różnych częściach państwa zaczęły wybuchać bunty i powstania przeciw władzy Safawidów.
W końcu 1721 r. zbuntowane przeciw Safawidom plemiona afgańskie, pod wodzą Mahmuda Hotaki (Mahmud Chan), zdobyły miasto Kerman i wtargnęły w głąb Persji. W bitwie pod Gulnabadem w 1722 r. Afganowie rozbili armię Safawidów i oblegli Isfahan. Po kilkumiesięcznym oblężeniu Sultan Husejn skapitulował, oddał się do niewoli i zrzekł się tronu. W zdobytym Isfahanie Mahmud Hotaki ogłosił siebie szachem. Jeden z synów Sultana Husejna, Tahmasb II, zdołał uciec z Isfahanu do Tebrizu i tam ogłosił siebie prawowitym szachem. Po jego stronie opowiedział się jeden z wodzów gyzyłbaszy Nadir (późniejszy Nadir Szach). Tahmasb II został uznany przez Rosję i osmańską Turcję.
Powstania przeciw władzy Safawidów wybuchły również w północnym Azerbejdżanie. Na czoło ruchu powstańczego wysunął się energiczny przywódca Hadżi Dawud, do którego zwolenników przyłączyły się oddziały dagestańskich feudałów. W 1721 r. oddziały Hadżi Dawuda i dagestańskiego feudała Surchaj Chana zdobyły Şamaxı, grabiąc miasto. Rabunkowi uległy też towary znajdujących się tam kupców rosyjskich. Hadżi Dawud, który kontrolował duży obszar północnego Azerbejdżanu zwrócił się o protekcję do sułtana tureckiego. Ten przyjął go pod swoje zwierzchnictwo, jako lennika osmańskiej Turcji. Widząc chaos panujący w państwie Sefewidów postanowili z tego skorzystać Turcy.
Tymczasem do gry włączyła się Rosja, rządzona przez cara Piotra I, która również chciała skorzystać z chaosu panującego w państwie Safawidów. Piotr I zorganizował wyprawę wojenną, która miała wyruszyć na ziemie Azerbejdżanu. W manifeście Piotra I jako oficjalny powód wkroczenia wojsk rosyjskich na teren Azerbejdżanu podano ukaranie sprawców ograbienia rosyjskich kupców w czasie zdobycia Şamaxı w 1721 r., oraz okazanie pomocy w zaprowadzaniu ładu i porządku. W 1722 r. flota rosyjska opuściła Astrachań, biorąc kurs na południe. Jednocześnie silna armia posuwała się drogą lądową. W tym samym roku Rosjanie zajęli Derbent, a w 1723 r. Baku. W ślad za Rosjanami na Zakaukazie wkroczyli Turcy zajmując wschodnią Gruzję i znaczną część północnego Azerbejdżanu.
Wobec katastrofalnej sytuacji i poseł szacha Tahmasiba II zmuszony był podpisać w 1723 r. w Petersburgu pokój, w którym Rosja uzyskiwała część wybrzeża Morza Kaspijskiego wraz z miastami Derbent, Baku, Lənkəran i Raszt. Nie chcąc wejść w konflikt z potężną jeszcze wtedy Turcją w 1724 r., Rosja podpisała z nią traktat w Stambule, ustalający granicę między nimi w tym regionie. Uznawał on rosyjskie zdobycze terytorialne, natomiast pozostała część północnego Azerbejdżanu z miastami Şamaxı, Şəki, Gəncə znalazły się pod władaniem tureckim. Turcy zdobyli też południowy Azerbejdżan z Tebrizem i Ardabilem.
Tymczasem w Persji utalentowany wódz Nadir, opowiedziawszy się po stronie Tahmasba I, zdołał wyprzeć Afganów z zajmowanych przez nich terenów i w 1729 r. zająć Isfahan. Nadir urósł w taką potęgę że w 1732 r. obalił Tahmasba II, osadzając na tronie jego małoletniego syna Abbasa III i ogłaszając się regentem. Faktyczną władzę sprawował Nadir, który w 1736 r. sam ogłosił siebie szachem. W 1740 r. Tahmasb II i Abbas III zostali zamordowani na polecenie syna Nadira, Reza Guli-Mirzy.
Nadir odniósł wiele zwycięstw, tworząc wielkie imperium sięgające od Indii do Turcji. Wojska Nadira wyparły Turków z południowego Azerbejdżanu. W 1734 r. zdobyły Şamaxı i obległy miasto Gəncə. Następnego roku, w obozie Nadira pod Gəncə, Rosjanie podpisali nowy traktat pokojowy oddający pod władzę Nadira ziemie przykaspijskie północnego Azerbejdżanu po Derbent. Rosjanie wycofali swoje siły z tego terytorium. Wojska Nadira w ciągu 1735 r. zdobyły Gəncə i wyparły Turków z terenu północnego Azerbejdżanu.
Bezwzględność Nadira, którego ekspedycje karne starały się tłumić każdy przejaw buntu, panujący głód, grabieże i rekwizycje jego wojsk, ucisk podatkowy doprowadziły do szeregu wystąpień i powstań przeciw jego władzy. Nadir został zabity w 1747 r. przez feudałów ze swego otoczenia, co doprowadziło do rozpadu jego imperium będącego konglomeratem różnych narodowości. Stało się to przyczyną zamętu w Persji i okresu wojen domowych.
Okres chanatów
Śmierć Nadira wytworzyła nową sytuację geopolityczną w tym regionie świata. Na terenie części Zakaukazia (obszar dzisiejszego Azerbejdżanu, Dagestanu oraz Armenii) i południowego Azerbejdżanu powstał szereg azerbejdżańskich chanatów, które przez okres następnych dziesięcioleci były faktycznie niezależne.
Na terenie południowego Azerbejdżanu powstały takie chanaty jak:
- chanat tebryski (Təbriz xanlığı) ze stolicą w Tebriz
- chanat ardebilski (Ərdəbil xanlığı) ze stolicą w Ardebil
- chanat maragiński (Marağa xanlığı) ze stolicą w Maragheh
- chanat makiński (Maku xanlığı) ze stolicą w Maku
- chanat garadaski (Qaradağ xanlığı) ze stolicą w Ahar
- chanat sarabski (Sərab xanlığı) ze stolicą w Sarab
- chanat urmijski (Urmiya xanlığı) ze stolicą w Urmii
- chanat chalchaski (Xalxal xanlığı) ze stolicą w Chalchal
- chanat chojski (Xoy xanlığı) ze stolicą w Choj
- chanat zendżański (Zəncan xanlığı) ze stolicą w Zandżan.
Z kolei na terenie dzisiejszego Zakaukazia były to następujące azerbejdżańskie chanaty:
- chanat derbencki (Dərbənd xanlığı) ze stolicą w Derbencie
- chanat qubiński/gubiński (Quba xanlığı) ze stolicą w Gubie (Quba)
- chanat bakiński (Bakı xanlığı) ze stolicą w Baku
- chanat szirwański (Şirvan xanlığı) ze stolicą w Şamaxı – obejmował on tylko część dawnego Szirwanu, stąd w historiografii spotyka się też nazwę chanat szamachiński (Şamaxı xanlığı)
- chanat dżawadzki (Cavad xanlığı) ze stolicą w Cavad – w 1784 r. zwasalizowany przez chanat qubiński
- chanat tałyski (Talış xanlığı) ze stolicą w Astara, a następnie w Lənkəran
- chanat szekiński (Şəki xanlığı) ze stolicą w Şəki
- chanat gandżyński (Gəncə xanlığı) ze stolicą w Gəncə
- chanat garabaski/karabaski (Qarabağ xanlığı) ze stolicą w Szuszy (Şuşa)
- chanat irewański/erywański (İrəvan xanlığı) ze stolicą w Erywaniu (İrəvan)
- chanat nachiczewański (Naxçıvan xanlığı) ze stolicą w Nachiczewanie (Naxçıvan).
Chanaty te formowały się wokół miast lub administracyjnych centrów, biorąc w większości przypadków od nich nazwę. Mniejszymi tworami państwowymi w stosunku do chanatów były sułtanaty, z reguły podporządkowane sąsiednim chanatom m.in. sułtanat qutkaszeński/kutkaszeński (Qutqaşen sultanlığı), sułtanat areski (Ərəş sultanlığı), sułtanat qazaski/kazaski (Qazax sultanlığı), sułtanat saljański (Salyan sultanlığı). Rządzący w tych niedużych państwach władcy częściowo byli przedstawicielami rodów, którym w czasach Safawidów powierzono zarządzanie prowincjami, częściowo byli to przedstawiciele ustanowionej przez Nadira administracji, a czasem miejscowi feudałowie. Władcy chanatów, starając się podkreślić swój status, budowali pałace, rezydencje, twierdze, nowe umocnienia obronne.
Rywalizujący ze sobą w drugiej połowie XVIII w. władcy chanatów często prowadzili ze sobą wojny, tworząc różne koalicje. Wśród nich największą rolę odgrywały chanaty qubiński, szekiński, karabaski. Spośród władców tego okresu największą potęgę i znaczenie osiągnął władca chanatu qubińskiego Fath Ali Chan (Fətəli xan). Pod jego rządami chanat qubiński stał się najsilniejszym azerbejdżańskim chanatem. W 1765 r. Fath Ali Chan zajął chanat derbencki i włączył go do swego chanatu. W latach następnych Fath Ali Chan po uporczywych walkach podporządkował sobie większość chanatów północnego Azerbejdżanu, a niektóre jak chanat bakiński faktycznie włączył do swojego chanatu. W zależności od niego znajdowało się też wielu feudałów Dagestanu. Próbował on też rozciągnąć swoją władzę na obszar południowego Azerbejdżanu zajmując w 1784 r. Ardebil, ale musiał się stamtąd wycofać. W końcu swojego panowania Fath Ali Chan zawarł sojusz obronny z władcą wschodniej Gruzji, królem Kartlii i Kachetii, Herakliuszem II (Erekle II). Fath Ali Chan umarł w 1789 r., po czym polityczne znaczenie chanatu qubińskiego znacznie się zmniejszyło.
Po śmierci Nadir Szacha władzę w Persji uchwycił Karim Chan, który był założycielem dynastii Zandów, władającej w Persji w drugiej połowie XVIII w. Ostatni przedstawiciel tej dynastii Lotf Ali został w 1794 r. pokonany przez Aga Mohammada, wodza plemienia Kadżarów, po czym był torturowany i stracony. Aga Mohammad ogłosił się szachem, zakładając dynastię Kadżarów, która panowała w Persji do 1925 r. Wzrastający w potęgę Aga Mohammad podporządkował sobie chanaty południowego Azerbejdżanu.
W 1795 r. potężna armia perska, przekroczyła rzekę Araks i wkroczyła do północnego Azerbejdżanu. Główne siły pod dowództwem Aga Mohammada skierowały się na teren chanatu karabaskiego, gdzie obległy stolicę chanatu miasto Szusza (Şuşa), które jednak nie zostało zdobyte. Dokonując ogromnych zniszczeń armia perska przeszła przez teren północnego Azerbejdżanu i wkroczyła do wschodniej Gruzji. Po zwyciężeniu wojsk gruzińskich w bitwie pod Krcanisi armia perska zdobywała Tbilisi, dokonując tam rzezi i uprowadzając wielu jeńców. Wobec narastającego niebezpieczeństwa ze strony Persji, niektórzy z azerbejdżańskich chanów i władca wschodniej Gruzji, Herakliusz II, zaczęli zabiegać o pomoc u Rosji.
Przeżywająca pod rządami Katarzyny II okres ekspansji terytorialnej Rosja, pragnęła rozszerzyć swe wpływy na Kaukaz i opanować ten region. Wkroczenie wojsk perskich na Zakaukazie zagrażało tym planom. Na teren Azerbejdżanu wysłano w 1796 r. rosyjską armię pod dowództwem generała Waleriana Zubowa. Już wcześniej w 1795 r. rosyjskie oddziały przybyły do wschodniej Gruzji. Aga Mohammad, mając do czynienia ze znacznie groźniejszym przeciwnikiem, ze swoją armią wycofał się z Zakaukazia. Wojska Zubowa zajęły większą część północnego Azerbejdżanu.
Ze śmiercią Katarzyny II w 1796 r. i wstąpieniem na tron carski Pawła I zmieniła się rosyjska polityka zagraniczna. Paweł I, bardziej zainteresowany wówczas w działaniach przeciw Francji, wycofał w początku 1797 r. swe wojska z Azerbejdżanu. Aga Mohammad wykorzystał odejście Rosjan i w tym samym roku znów wkroczył ze armią na teren północnego Azerbejdżan. Pustosząc ziemie chanatu karabaskiego armia perska zajęła jego stolicę Szuszę. Władca chanatu, Ibrahim Chan, nie mając nadziei, że jego siły zdołają stawić czoło potężnej armii perskiej, wycofał się z Szuszy. Aga Mohammad, będący człowiekiem okrutnym, padł tam w czerwcu 1797 r. ofiarą zamachu. Według źródeł rozgniewany na swoich sług Aga Mohammad oświadczył im, iż będą skazani na śmierć. Ci znając jego bezwzględność, nie czekając wykonania wyroku, zabili jego we śnie.
Rosyjski car Paweł I zdecydował się na bardziej aktywną politykę na Zakaukaziu. W styczniu 1801 r. ogłoszono carski manifest o wcieleniu wschodniej Gruzji do Rosji – w odróżnieniu od północnego Azerbejdżanu wojska rosyjskie nie opuściły tego terytorium w 1797 r. W następnych latach Rosja podporządkowała sobie szereg chanatów północnego Azerbejdżanu, wcielając ich terytoria w obręb Imperium Rosyjskiego. Część władców chanatów zgodziło się przejść pod rosyjskie panowanie, podpisując traktaty o przyłączeniu swych państw do Rosji i licząc na zachowanie pewnej niezależności. W innych przypadkach Rosjanie dokonali tego siłą, anektując terytoria chanatów które stawiły im opór.
Następca Aga Mohammad, szach perski Fath Ali, w 1804 r. wypowiedział wojnę Rosji. Mimo że w czasie trwania wojny persko-rosyjskiej rozpoczęła się również wojna turecko-rosyjska (1806-1812), Rosjanie osiągnęli sukces na obu frontach. W październiku 1813 r. w osadzie Gülüstan (Giulistan), na terenie Karabachu, podpisano traktat pokojowy między Rosją i Persją. Na mocy tego traktatu Persja przyznawała przejście pod władzę Rosji ziem Gruzji, Dagestanu i większości ziem północnego Azerbejdżanu. Pod panowaniem rosyjskim znalazły się chanaty – derbencki, qubiński, bakiński, szirwański, szekiński, gandżyński, karabaski, część terytorium chanatu tałyskiego.
Kilkanaście lat później Persja podjęła próbę rewanżu. W lipcu 1826 r. rozpoczęła się kolejna, ostatnia już wojna persko-rosyjska. Początkowo inicjatywę miała armia perska, która zajęła Lənkəran, Salyan i obległa Szuszę. We wrześniu tego roku do kontrofensywy przeszli Rosjanie, którzy wyparli wojska perskie i wkroczyli na teren południowego Azerbejdżanu. Po zdobyciu przez Rosjan Tebrizu, Urmii i Ardebilu, Persja zmuszona była rozpocząć rokowania pokojowe. Traktat pokojowy podpisano 22.02.1828 r. w miejscowości Türkmənçay (Turkmenczaj) koło Tebrizu. Do ziem będących pod władaniem Rosji na mocy traktatu pokojowego z Giulistanu włączono chanaty nachiczewański i erywański oraz pozostałą część chanatu tałyskiego. Traktat ten na trwałe podzielił ziemie które zamieszkiwali Azerbejdżanie między Rosję i Persję.
Ustalona w traktacie z Turkmenczaju granica między Persją i Imperium Rosyjskim w XX w. stała się granicą między Związkiem Radzieckim i Iranem. Również dzisiejsza granica między Azerbejdżanem i Iranem opiera się na granicy ustalonej w pokoju turkmenczajskim. Po zawarciu pokoju turkmenczajskiego historia obu części Azerbejdżanu potoczyła zupełnie innymi drogami.
Niedługo po zakończeniu wojny persko-rosyjskiej rozpoczęła się wojna turecko-rosyjska (1828-1829), w której Rosja również odniosła zwycięstwo. Rosjanie zajęli płd.-zach. obszary Gruzji i wschodnie wybrzeże Morza Czarnego do Anapy. Po wojnie turecko-rosyjskiej w latach 1877-1878 w granicach imperium rosyjskiego znalazło się całe terytorium dzisiejszego Zakaukazia.